Deutsche Behörden wurden wegen ihres Umgangs mit der EHEC-Krise scharf kritisiert. Nicht nur Vertreter der Opposition, sondern auch Regierungsvertreter anderer Länder und einzelne Gesundheitsexperten, warfen der Regierungen fehlerhaftes Krisenmanagement vor. Verständlich ist, dass die spanische Regierung, die jetzt für eine Entschädigung für ihre Landwirte streiten muss, die Millionenverluste durch die Angst vor EHEC-verseuchten spanischen Gurken und den daraus resultierenden Einfuhrverboten, hinnehmen mussten. Ilse Aigner, die deutsche Bundesagrarministerin, verteidigte das Vorgehen der deutschen Behörden. Diese haben stets nach besten Wissen und Gewissen gehandelt und die Informationen an die Öffentlichkeit weiter gegeben, die ihnen vorlagen. Aigner: „Es geht hier um Menschenleben“, Warnungen waren und sind deshalb wichtiger, als eventuelle wirtschaftliche Schäden. Problematischer wäre es gewesen, wenn sie statt zu warnen erst einmal abgewartet hätten, wodurch die Gefahr bestanden hätte, dass sich unnötigerweise noch mehr Menschen infiziert hätten. Grünen-Fraktionschefin Renate Künast kritisiert: „Das EHEC-Krisenmanagement dieser Regierung ist miserabel, es findet schlecht oder gar nicht statt.“ Das jedoch ist eine bisher unbewiesene Behauptung. Forscher und Wissenschaftler aus ganz Deutschland arbeiten seit dem Ausbruch der Darmkrankheit daran, deren Ursache und Verteilungswege zu ergründen. Manche Untersuchungen brauchen einfach Zeit, egal wie dringend die Menschen auf die Ergebnisse angewiesen sind.